흔히 오키나와의 여행지로 츄라우미 수족관과 슈리성이 있는 본섬만 떠올리곤 한다. 하지만 오키나와는 본섬 외에도 160개의 섬으로 이루어져 있으며 그중 47개의 섬에 주민들이 거주한다. 이 섬들이야말로 오키나와의 대자연과 특색 있는 풍경을 제대로 만날 수 있는 곳이다. 그중에서도 이시가키섬(石垣島)을 중심으로 한 야에야마 제도(八重 山諸島)와 미야코섬(宮古島)를 중심으로 한 미야코 제도 (宮古列島)는 서로 다른 매력을 가진 오키나와 대표적인 섬 여행지다. 모두 본섬의 나하공항에서 항공편으로 50분 정도면 갈 수 있다. 또한 미야코 제도까지는 하네다 공항과 간사이 공항, 후쿠오카 공항 등에서도 직항편이 운행한다.

야에야마 제도는 아름다운 해변으로 유명한 이시가키섬을 비롯해서 맹그로브 숲이 울창한 이리오모테섬(西表島), 물소차를 타고 전통적인 거리를 산책할 수 있는 다케토미섬(竹富島) 등 11개 섬으로 이루어져 있다. 각 섬 간의 거리가 가까워서 페리를 이용한 섬 투어를 즐길 수 있다는 것이 가장 큰 매력이다. 특히 추천하고 싶은 섬은 이리오모테섬 북쪽의 무인도 바라스섬 (バラス島)이다. 이 섬은 태풍으로 인한 파도의 영향 때문에 형태가 매년 달라지는 것이 특징. 유명한 스노클링 스폿이기도 해서 색색의 열대어와 함께 수영할 수 있고 바다 거북이를 만날 확률도 높다. 미야코 제도는 미야코섬을 중심으로 주변 6개의 섬이 다리로 연결되어 있다. 연평균 기온이 23.3도로 사계절 따뜻해 ‘스포츠의 섬’으로 유명하다. 바다가 보이는 골프장과 함께 스노클링, 다이빙, 해양 스포츠 등을 즐길 수 있는 아름다운 해변이 곳곳에 있다. 숙소의 종류도 다양해서 가족이나 그룹 단위로 묵을 수 있는 합리적 가격대의 리조트 호텔뿐 아니라 프라이빗한 빌라 타입의 고급 호텔에서 여유로운 시간을 보낼 수도 있다.